Министерство финансов РФ на вопрос  применения ставки  НДС при перевозке товаров по территории РФ следующих транзитом ранее давали ответы что необходимо применять ставку – без НДС.

Но в декабре 2021 года определением Верховного суда была дана иная трактовка:

Определение СК по экономическим спорам Верховного Суда РФ от 27 декабря 2021 г. N 301-ЭС21-16598 по делу N А43-25632/2019

Не могут быть признаны правомерными выводы судов [нижестоящих инстанций] о допустимости применения положений подпункта 3 пункта 1 статьи 164 Налогового кодекса только к вспомогательным услугам, исключая саму перевозку (транспортировку) грузов, поскольку такое толкование противоречит целевому назначению данных норм, как призванных обеспечить налогообложение экспортируемых российскими хозяйствующими субъектами услуг (работ) в соответствии с принципом страны назначения, создать дополнительные экономические стимулы для организации международного транзита грузов через территорию Российской Федерации, в том числе стимулы для использования в целях международного транзита пролегающих через Российскую Федерацию водных путей. Положения пп. 3 п. 1 ст. 164 НК РФ применяются как в отношении самой перевозки (транспортировки) груза, так и в отношении связанных с ней дополнительных услуг.

После определения Верховного Суда 2021 г теперь налоговые органы дают трактовку как в определении, следовательно по таким перевозкам применяется ставка 0%.